混乱之中，仅有几个没能抓住机会逃走的官员和侍从被困在宫殿内。
士兵们没有理会向城外涌去的人潮，他们拿斧子砸开宫殿大门，被困住的官员将简易制成的葡萄牙旗帜探出窗户，并用斯瓦西里语和阿拉伯语大喊：“葡萄牙万岁！”
副王进入宫殿内，发现苏丹已经和部分市民一起逃走了，不过因为行事匆匆还留下诸多财物。他下令将这些财物都封存起来，宣布这是属于国王的财产，不许任何人私下处。
走出宫殿，随船的修士们在城内最大的清真寺上立起十字架，并感恩天主赐予他们胜利。基尔瓦的各个城区则被士兵们搜刮一空，他们冒着生命危险跨过重洋就是为了获取战利品一夜暴富的。这些士兵私下搜刮的财物都被揣进各自的兜，没有交给副王再分配，这让阿尔梅达恼怒地认为士兵们盗窃了国王的财产，可他却不能将所有士兵都严格按照军法处置。
副王在基尔瓦停留了两周，一是恢复本地秩序，葡萄牙人无力输送大量移民，当前他只能扶持一个傀儡保持葡萄牙在基尔瓦的存在。
新苏丹的加冕仪式准备得很匆忙，阿尔梅达甚至没有找与苏丹有血缘关系的贵族作为统治者，而是指定了一位对苏丹不满的富商。他穿着葡萄牙式的华服向副王宣誓效忠，保证永远忠于葡萄牙，不拖欠贡赋。
同时诸多废弃建筑被拆毁，其建材被用作建造堡垒，负责驻留堡垒的驻军也抽调完毕。安排好这些善后工作的阿尔梅达没有再浪费时间停留在基尔瓦，继续率领舰队沿海岸向北奔去。
尽管曼努埃尔没有在命令中指定更多在东非的目标，而是要求其尽快横渡印度洋抵达马拉巴尔海岸。副王还是发挥着主观能动性，决定先征服蒙巴萨。
蒙巴萨苏丹知道葡萄牙人是不好对付的对手，他加固城防，命令潜水员从附近沉没的葡萄牙船只中打捞火炮，叛逃至苏丹麾下的葡萄牙水手让这些火炮能够被正确使用。
不过数量稀少且保养不当的火炮没能对阿尔梅达造成威胁，舰队里的弗兰德炮手为副王赢下了与蒙巴萨之间的炮战。
蒙巴萨苏丹火冒三丈地接见了阿尔梅达派到岸上的使者：“我的主子希望您能够认清现实，和平地臣服于伟大的君主曼努埃尔是最有利的选择。”
“你们这些恶魔的私生子，火狱来的混蛋，蒙巴萨不是基尔瓦，我是苏丹而并非小鸡，没有人会在如此暴行面前坐以待毙……”
送走使者的苏丹打算拿出他手头上的所有军力与强敌一搏。