崔呈秀倒是待他一如往常，但是问起今后该怎么办，他也只是苦笑不已。至于其他人则虽然有召必到，但是到了也是一言不发毫无主张。
10月15日，新任南京通政使杨所修见机不妙，上疏参兵部尚书崔呈秀夺情、吏部尚书周应秋贪墨两事。试图撇清他和阉党的关系。
杨所修上疏被崔呈秀知道后，气急败坏的崔呈秀跑到了都察院大闹了一通。先是骂了李藩，接着是孙杰，并威胁两人要是不修改上疏，他就要清查两人经管的钱粮。
于是第二天，吏科都给事中陈尔翼上奏说，“圣主在位，众正盈朝，而东林余孽潜伏京城，意图翻盘。请陛下命令厂卫缉拿此等余孽。”
从锦衣卫的密报中了解了事情的整个经过之后，朱由检简直啼笑皆非。
10月17日，江西巡抚杨邦宪上疏请求为魏忠贤立生祠，朱由检看着笑而不语，魏忠贤赶紧上疏辞免为自己立生祠，朱由检顺水推舟的就答应了。
几日后魏忠贤主动向朱由检请求，辞去提督东厂的职务。朱由检好言安慰了几句，以让魏公公休息一段时间为名，让王承恩暂时接管了提督东厂。
不准江西巡抚修建生祠，又免去了魏忠贤提督东厂的职位，犹如一个风向标，顿时把朝中的局势给搅动起来了。
浙党徐大化见势头不妙，就暗示表侄御史杨维垣弹劾崔呈秀，袒护魏忠贤，来一个丢车保帅之计。
而工部主事陆澄源干脆来个将计就计，直接把矛头指向了崔呈秀，说当初熹宗夺情是因为三大殿没修好，现在三大殿已经修完了，崔呈秀还不请辞，霸着兵部尚书的位子，到底想干什么？
陆澄源的诛心之言，让崔呈秀立刻上疏请求罢免自己的职务，放他回去守制。
虽然朱由检对于这种守孝三年的规定很不以为然，但是在这种封建礼教为主流思想的社会，他还真没这个底气去挑战明朝的主流文化。
再说了，作为魏忠贤的铁杆，崔呈秀也不值得他费这么大力气。于是朱由检就答应了崔呈秀的请辞，不过对于崔呈秀空出来的兵部尚书，朱由检并没有同意让田吉上位，而是下令召回被发配去南京的前兵部尚书王在晋。
这些日子来，朱由检仔细研究了南北两京六部尚书的履历，发觉这位前兵部尚书对辽东的看法和合他的意思，因此就趁机把他给调了回来。
崔呈秀的去职，就像是阉党倒下的第一块骨牌。很快兵部主事钱元慤就跳出来疏劾魏忠贤，说崔呈秀的后台老板就是魏