生存的时代，同样是一个商品经济相对发达的封建王朝末代，他所见到的土地兼并之风大起，道德沦丧、教化不行的世情，在这个时代同样正愈演愈烈。
因此在一些士大夫眼中，唯有重新尊崇理学，才能挽救大明眼前礼崩乐坏的时局。但是同朱熹这样的理学家相比，这个时代推崇理学的士大夫们，不过是一群拘泥不化的泥塑木像而已。
他们把朱熹说的每一个字都当做了不可变异的真理，但是却没有学到朱熹重视观察实证，追求真理的精神。
除了《四书章句集注》，朱熹还写过专门讨论天球北极星座的《北辰辨》；在《尧典》注中，讨论了当时天文学的岁差、置闰法等概念；在《舜典》注中讨论了早期的浑天说、浑天仪的结构，并详细记录了当时的浑天仪结构。
除此之外，朱熹对地质学化石、否认神创论、宇宙起源、地心说、大地自转、日食与月食、潮汐、雪花六角晶体形状、雨虹等的形成、地理对气候的影响、生物与人类起源、中医诊脉、农业生产结构、农作物布局及具体的生产技术等问题都有见解阐述。
但是在明代的道学家眼中，似乎朱熹只写作了一本《四书章句集注》，他们抱着这本书不求甚解，只诚惶诚恐的把这本书里的每一个字句硬生生的背了下来，然后当做了自己思想的囚笼。
朱熹曾经提出过“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”的主张，但是有人专讲诚意、正心，有人只看到修身、齐家、治国、平天下，大多数人都忽略了格物、致知，甚至于干脆歪曲了格物、致知的本身涵义。
是以，在朱由检的眼中，想要维护封建统治秩序的《四书章句集注》，反而成为了大明想要进行蜕变，从封建经济关系进入到资本主义经济关系的最大阻碍。
虽然，他一直想要拖延时间，给新学更多的时间去影响这个时代的士子。但是今天在朝堂上爆发的争论，让他意思到，不管他愿意或是不愿意，探求物质世界的自然科学，已然同那些拘泥不化的道学先生们发生了冲突。
朱由检抬头扫了一眼，首辅和其他几位默不作声的六部高官，这才缓缓开口说道：“既然你们都要朕作出评判，那么朕也勉为其难的说上两句。
不过在这之前，朕对你们说的只有一句话，要给别人说话的权力。朕不想做周厉王，朕也绝不容许有人想做大明的周厉王。
在公开的场合进行争论不是罪行，捍卫自己的学说和信仰也不是罪过，但是强迫别人接受自己的学