为他们的教义对皇帝和中国的文化都很不尊重。
他以一位理学者兼佛教徒的身份，列举了一系列证据，完全否定了天主教，甚至说天主教的历法也破坏了中国的道德秩序。还说天主教传教士与白莲教徒有染，想要图谋不轨，徐光启为此还亲自上疏辩护，但是并没有什么效果。
南京教案迫使一批耶稣会传教士退回了澳门，也使得这些传教士对南方士大夫传播自然科学的行动被迫中断了。但是这场教案还是有一些好处的，便是让某些想要彻底改革中国人祭祖、祭孔习惯的传教士们，不得不暂时放弃了这种传教方式。
而现在的局面又同当年不同，当初这些耶稣会传教士主要目的还是传播天主教义，在中国发展天主教信徒。同南方士大夫们交流学问，不过是为了敲开这些开明的中国士大夫的大门而已。
正因为如此，这种自然科学的东西方交流就变的非常私人化，范围也很狭隘。可以说影响也只局限于几个开明士大夫之中，并不能对整个中国社会施加一种化学反应一般的变化。在不少大明士大夫的眼中，这些自然科学知识就像是一种海外奇谈一样的宴会谈资罢了。
但是，现在的局面就大不相同了。从各种学校到科学院的建立，对于东西方自然科学的总结和互相验证，一个较为完整的自然科学研究体系，已经出现了雏形。而天主教的传播，则成了一个可有可无的事情。
虽然徐光启并不认为，这些自然科学知识构建成的新学问，能够同孔孟先圣建立的儒家学说相提并论。但是他认为，这门学说应当就如同诸子百家中的墨家、兵家一般，是维护儒家治国的实用性工具。
他非常反感如同沈榷这般迂腐而守旧的道学先生，他们把一生的精力都沉浸在圣贤著述的典籍内，但是却连一个字都不敢修改，生怕因此违背了圣贤的大道。但是终其一生，他们都没有找到圣人的大道是什么。
如果这些道学先生们只是把门关起来，对着圣人典籍自娱自乐，那么倒也没什么可说的。但是令人痛恨的是，这些人不光把自己禁锢在了圣人的典籍之中，还想要把天下人都禁锢在其中，但凡有人想要看看其他风景的，都会被这些道学先生们当做异端来消灭。
现在京城的自然科学研究，取得了远远超过徐光启当初上京前的想象。这一年来，每一项新事物、新理论、新知识的出现，都让他觉得他的时间实在是太不够用了。他总感觉到，在这些碎片化的知识背后，有一个完整而又无比美丽的真实世界。
徐光