官员们向皇帝争夺主持的权力时，固然颇有立场一致的态度，但是并不代表他们愿意看到由他接收这个胜利果实。特别是那些自诩为正人君子的清流们，认为像黄立极这样曾经投靠过阉党的人，是不配也不能做大明这座寺庙的主持的。
清流们虽然不掌握什么权力，但是他们在舆论和地方上的影响力，就不得不迫使黄立极必须要依靠崇祯的支持，方才可以勉强坐稳这个主持的位置。
虽说黄立极所推进的政治改革，让他提拔了不少自己人。但是个人的力量显然是无法同以书院、文社为纽带的清流官员团体相抗衡的。事实上，在崇祯登基后推动了近两年的政治改革后，朝中原本混沌而不分明的政治格局，已经开始慢慢演化成了四个政治派别。
以黄立极为代表的改革派，人数虽然最少，但是却掌握了朝中大部分的权力。接下来的则是没有政治倾向，但是却紧紧抱着崇祯大腿的前阉党成员，这些人既不愿意跟从背叛了阉党的黄立极等改革派，也不能见容于清流，他们只有效忠于皇帝才能保住自己的权位。这部分官员的人数同改革派不相上下，但是权力却小了许多，主要分布在工部和交通建设部内。
然后便是人数众多的清流官员，虽然清流在朝中一直存在着，但是清流官员的主流却有了极大的变化。崇祯刚刚登基时，领导清流的意见领袖们，大多是在天启党争中落败的东林党人。
但是这些因为和阉党斗争而闻名天下的东林党人，在返回朝中之后并没有做出什么振奋人心的功绩，也没有清理朝堂上的奸邪夺回执掌朝政的大权，反而默认了黄立极这样的阉党余孽继续主持大局，这无疑让许多把天启党争视为正邪之争的士大夫们感到不满。
在这些士大夫们眼中，整天想要从他们身上捞钱的阉党是小人，那么同阉党进行斗争而失败的东林党人自然是正人君子。既然魏忠贤、崔呈秀等阉党首领被逐出了京城，钱谦益、袁可立、刘宗周、孙承宗等正人君子返回了朝中，那么自然就应当拨乱反正主持朝纲，彻底将朝中的小人都驱逐出朝堂才是。
然而这些名声远扬的东林党人领袖们，回到了朝堂之后居然放弃了同这些小人继续斗争下去，这无疑让许多信奉正邪不二立的士子们的不满。原本因为痛恨阉党，而给东林党人加持的神圣光环自然也就褪色了。
到了崇祯二年末，曾经左右清流士林舆论的东林党人开始慢慢被边缘化，而号称要继承东林诸君子遗志的复社士子们，打着：兴复古学，将使异日者务为有用的