到没有轻轻放过，而是要求总参谋部借此机会，对辽西镇上下进行一次全面的整顿。
朱由检看着众人面无表情的说道：“…追究责任什么的，现在不谈这个。朕现在只要求大本营做一件事，全面重建辽西镇的参谋体系。
一是要做到总参谋部颁发的命令在每只军队中都能上命下服；二是辽西镇的参谋体系能够做到下情上达，让总参谋部随时能够了解辽西镇各军的状况。
朕授予大本营参谋本部全权，在组建参谋体系的过程中，如果有人抗命不遵，敷衍了事，弄虚作假的，该撤职撤职，该退役退役，该调任调任。朕绝不容许有人在军中搞特殊化，搞独立王国，搞拉帮结派的山头主义。辽西是大明的辽西，军队也是大明的军队…”
对于皇帝的训话，众人都没有什么非议，甚至于某些人心里还有些窃喜。辽西镇作为大明最为强大的一只边军，即便这只边军的成立和孙承宗有极大的渊源，但想要让这只边军的大小军头交出对军队的绝对指挥权，也不是轻松可以做到的事。
辽西镇的参谋体系之所以迟迟没能完成，同这只边军将领的抵制也是分不开的。现在他们虽然被皇帝重重的斥责了一通，但是却拿到了全面整顿边军系统的尚方宝剑，对于总参谋部来说，实在是趁机扩大自身权力的好事，自然不会有人提出反对的意见。
这场会议结束之后，朱由检留下了孙承宗、孙传庭、李宏元三人，崇祯留下三人的目的，还是准备同他们谈一谈，之前他们已经开展起来的肃反问题。
孙传庭和李宏元采用的肃反方式，还是此前刑部惠侍郎采用的方式，通过对军中将领的走访和谈话，对一些将士举报的问题进行调查，从而确定为后金办事的士绅和将领，虽然有所成效，但并不合崇祯的心意。
朱由检沉吟了半天，对着三人说道：“自上而下的肃反，惠侍郎已经做的相当不错了，就算你们再怎么鼓捣，也不过抓出几只替罪羔羊而已，那些沉寂下去的两面人还是不会这么轻易的显露出来的。
如今宁锦一带刚刚给后金蹂躏了一遍，地方上百姓和军中的普通将士正是怨气满腹的时候，他们大都是在本地土生土长之人，对于这里的大户和将领也是知根知底，他们肯定知道都有哪些大户和将领同后金那边有所勾结。
总参谋部的肃反工作应当从这些底层的百姓和战士身上打开缺口，只有获得了最广大的百姓和军士的支持，我们才能把这些两面讨好的墙头草从我们的军队和政府中清除出去。也只有彻底的清