这样一番整顿，固然弱化了喇嘛教，可中原禅、净、律、天台、贤首诸宗却是大肆发展，当时他鉴于自己在皇觉寺的遭遇，对这些僧人，与洪武三年集各地僧耆，规定寺院为禅、讲、教（包括依瑜伽教修行及应赴佛事等）三类，要求僧众分别专业。随后又召集江南名僧至南京，启建“广荐法会”及点校藏经，进行刻版。对于僧人普给度牒，废除过去计僧卖牒的免丁钱，并命各地沙门讲习《心经》、《金刚》、《楞伽》三经。如此的优待，除了南北朝的梁武帝之外，就是大周皇帝武则天了，可他没想到他优待，换来的僧侣的无限扩大。
洪武初年，国家初定，江南之地，除了江浙一带之外，其余行身并不富庶，百姓的日子并不好过，朱元璋采纳朝臣建议废除过去计僧卖牒的免丁钱，这样一些穷苦百姓，为了逃脱税收，纷纷入了寺庙，而度牒免费发放，如此一来有牒僧道既大量增加，寺观自然随之而增，仅仅四五年的时间，京城内外的官立寺观，多至六百三十九所。后来继续增建，以致紫金山，鸡笼山、鸡鸣山等处，寺庙如雨后春笋，相望不绝。自古佛寺之多，未有过于此时者，这些寺庙也都有相当多的土地，引起不少地方的不满！
朱元璋放下奏折，一直没有舒展的眉头，更加紧凑了几分，他从小在皇觉寺长大，后来参加义军，依靠的也是明教，白莲教，对于这些的厉害之处，他自然心知肚明，碰上好的年月倒也罢了，若是碰上天灾**，百姓愚昧，最禁不起这些教众的蛊惑，做出反抗朝廷的举动来，所以对于这些教众，他早就有了再一次整顿之心，只是一直忙于战事，将此事忘了！
“看来，再不处理，迟早要出大事的？”朱元璋皱了皱眉头，对着那张奏折沉吟许久，才提起朱笔写道：“今天下之僧，多与俗混淆，尤不如俗者甚多，是等其教而败其行，理当清其事而成其宗。令一出，禅者禅，讲者讲，瑜伽者瑜伽，各承宗派，集众为寺。有妻室愿还俗者听，愿弃离者听。”想了想，又写道：“僧者，或居山泽，或守常住，或游诸方，不干于居，不妄入市村，官民欲求僧以听经，岂不难哉！如此，则善者慕之，诣所在焚香礼请，岂不高明者也！“写完后，喊来太监云奇，将这奏折交给了他，让送到户部，让户部仿照宋制设各级僧司、僧官[其制在京设僧录司，各府设僧纲司，州设僧正司，县设僧会司。
僧录司诸僧官由礼部任命，有左、右善世，左、右阐教，左、右讲经，左、右觉义等职。主要任务是监督僧众行仪及主管考试等，各寺庙，每三年发度牒一次，并加考试