蒙古族退居漠北，历史进入北元时期。
15世纪30年代，当年的喀喇沁军和他们的家属以及喀喇沁牧户逐渐发展演变成为一个强盛的部族，被称为喀喇沁部。
他们仍然游牧在元朝时期的漠北地区原岭北行省和宁路之西的称海宣慰司境内。
这时的喀喇沁部是在阿速特部首领阿鲁台的统领之下。
阿速特部祖先是13世纪生活在高加索附近的阿思、阿兰人，1239年，被西征的蒙古军带回蒙古高原后组成阿速军服务于蒙古大汗，这些人便是后来阿速特部祖先。
他们与喀喇沁人有着基本相同的经历，祖先都来自于西方。
这两部也成为日后右翼蒙古永谢布万户的主要鄂托克。
1449年，也先太师率部南下，对明王朝发动了“土木之役”，明50万大军全军覆没，也先在土木堡俘获了明英宗皇帝。
在这之后，明军被迫放弃了之前所占领的漠南地区，全面退守明长城以南。也先也于1453年登上蒙古大汗之位，成为蒙古历史上唯一非黄金家族出身的大汗。
但是好景不长，在登上汗位的第二年，当时在脱脱不花汗时期任枢密院知院一职的阿剌因对也先不满与之反目，遂起兵杀死了也先汗。
从此卫拉特部势力瓦解，也先余部迅速退出东蒙古地区，也失去了对喀喇沁部的统治权。
此时，北元太师孛来担任喀喇沁部新的领主，并率领喀喇沁部、阿速特部于1456年进人黄河河套地区。
期间翁牛特部首领毛里孩率部进入河套，毛里孩是成吉思汗同父异母弟别里古台后裔。
1470年，元室后裔孛罗忽巴延蒙克济农率鄂尔多斯部大批人马进入河套地区，他们与喀喇沁部成为河套地区的新主宰。与此同时，卫拉特部的癿加思兰也进入河套。
1480年，满都海哈屯辅佐年方7岁的巴图孟克即蒙古大汗位，号达延汗。
为了消除卫拉特部对汗廷的威胁，满都海哈屯携带年幼的达延汗并亲自率领大军征战卫拉特部，经过近30年的奋战，达延汗在满都海哈屯的辅佐下，终于在1510年再度控制了蒙古诸部，并将蒙古划分为左右翼六万户。
其中鄂尔多斯、土默特、永谢布为右翼三万户。
察哈尔、喀尔喀、兀良哈为左翼三万户。
为了加强对蒙古右翼的控制，在1510年，达延汗派遣自己的次子乌鲁斯博罗特前往右翼蒙古担任济农，并在