林丹汗针对如此复杂的局面，曾经踌躇满志妄图重新统一蒙古各部。
林丹汗执行了一条错误的路线，他未能利用身为蒙古大汗的政治影响力和智慧团结同族各部，却同室操戈、骨肉相残对蒙古各部进行了兼并战争。
其结果是造成东北地区蒙古各部，奈曼、敖汉、巴林、扎鲁特，科尔沁等部族纷纷归附后金。
林丹汗在兼并周边蒙古各部接连失利的形势下，把军事锋芒转向右翼蒙古各部向西推进，以谋求新的发展和反攻机遇。
右翼蒙古各部反对他的入侵和兼并，进行了顽强的抵抗。
喀喇沁部地处右翼蒙古的前沿，以前与林丹汗素来有矛盾。
早在喀喇沁部巴雅思哈勒在世时，其第四子满五素由图们汗收养为义子。
图们汗派遣其部下驻在喀喇沁部驻地以示保护。到了林丹汗时期，满五素率领原图们汗留下的部众回归喀喇沁部。
林丹汉对满五素的做法极为不满，遂要求归还原图们汗派驻喀喇沁部的人马而遭到拒绝。
另外，喀喇沁部游牧于宣大边外，在与明互市中居于有利地位，因此抢占了与明的大部分互市贸易份额，林丹汗对此极其不满，曾调集10万大军对喀喇沁部进行威胁。
同时，他又派遗使臣前往宣府，通报明朝：张家口之地原属察哈尔部，今后不容许喀喇沁部人在此冒名互市。
喀喇沁部针锋相对，企图联合明朝势力和林丹汗抗争，但明朝对此采取了阳奉阴违、袖手旁观的做法。
在这种事态下，战争一触即发。
在喀喇沁部遭遇林丹汗的几次兼并战争中，其大军大部溃散，一部分逃入明边内躲避，一部分被林丹汗俘虏。
喀喇沁黄金家族首领和所拥有的人口因大多在察哈尔的兼并战争中被杀被虏而所剩无几。
喀喇沁内的兀良哈人所属部民没有参加艾不哈之战，在长昂子色棱和孙苏布地塔布囊率领下归附后金，因而保存了实力，他们不久之后便参加了后金对林丹汗的战争。
原来幸免于难的喀喇沁部黄金家族台吉和部民，大部分被后金编入蒙古八旗而分离出去。
这样，色棱和苏布地塔布囊就继续沿用了原宗主部“喀喇沁”这一名称。
喀喇沁部领导权由黄金家族彻底转入到兀良哈人手中，兀良哈人成为喀喇沁部的新领主。
这也标志着新的喀喇沁部落是由兀良哈人为主体重新组成的。