当时这个消息被皇太极知道后，立刻派多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵一万，第三次远征察哈尔，趁着大雾将额哲的营帐团团包围。
最后额哲抵抗不住，带着传国玉玺向八旗兵投降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部被后金降服。
皇太极得到传国玉玺后，被以额哲为首的漠南蒙古十九个封建主一同尊奉为博格达彻辰汗，也就是说，漠南蒙古人堕落到给自己找了一个满洲人当大汗。
皇太极成为蒙古大汗后，于第二年将国号从金改为大清，建立了大清帝国。
后来皇太极将察哈尔蒙古诸部分化，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。
三藩之乱的时候，察哈尔部的首领布尔尼举兵反清，遭到清军镇压，于是林丹汗的后裔被杀净。
漠南蒙古也就再没有与清军开战了。
纵观漠南蒙古被清朝征服的过程，完全就是蒙古人自己不争气造成的。
自从明朝将蒙古人赶出中原后，蒙古内部就四分五裂，如仇人一般相互攻击，结果给了清朝分化蒙古各部，孤立林丹汗的本部的机会。
最终清朝杀绝了正根的黄金家族，蒙古的正统汗权被满人攫取，蒙古人也就没有自己民族的大汗了。
比较搞笑的是，蒙古人虽然打不赢满清，但是在嫁女儿这方面很成功。
清朝前三任皇后都是科尔沁部落的郡主，最有名的就是孝庄皇太后了。
而当八旗子弟堕落之后，漠南蒙古的骑兵部队就成了满清统治的绝对中坚力量。
第二次鸦片战争时，僧格林沁与英法联军在八里桥血战的部队，就是科尔沁的蒙古骑兵。
喀尔喀蒙古被瓜分，属于漠西蒙古一脉的准噶尔汗国与清朝打了70年，历经康雍乾三朝，清朝人终于征服准噶尔汗国。
漠南蒙古是真正贯彻了清朝“满蒙一体”政策的蒙古人，属于满洲人的合作伙伴。
喀尔喀蒙古和清朝的关系就要差一些了。
漠西蒙古，这一支蒙古人也分为三股势力。
其中土尔扈特部被准噶尔挤走，流落到了伏尔加河下游定居，后来受到沙俄欺压，在首领渥巴锡的率领下回到清朝，还有一部分土尔扈特人留在了沙俄。
这一支漠西蒙古人与清朝没有恩怨，关系比较好。
另外一部分就是和硕特部，青海蒙古和硕特部的罗布臧丹津曾在雍正年间叛乱。