官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。
军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总督蓟、昌、保三镇练兵镇守长城，使边境安然。
张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。
同时张居正严惩贪官污吏，裁汰冗员。
张居正整顿朝正，改革体制，史称万历中兴。
1577年秋，张居正父亲去世，按常理他需要丁忧，但张居正以为改革事业未竟，不愿丁忧。
他的政敌借此大做文章，史称夺情之争。
最后在明神宗和两太后的力挺下张居正被夺情起复，使得其改革并未被中断。
但是，这成为了他的政敌之借口。
同时张居正利用职权让亲子通过科举进入翰林院。
张居正死后被反对改革的政敌清算。
张府家属被囚禁于内，饿死十余口，生前官爵也被剥夺。
张居正死后初期，明神宗尚能保持对朝政的兴趣，在位期间有东林党争、国本之争等重大事件，对外有朝鲜之役与萨尔浒之战。
万历一朝同样是明朝由盛转衰的转折期。
并且是最大的一个转折时期。
这回是彻底衰败了。
国本之争主要围绕着皇长子朱常洛与福王朱常洵。
明神宗迟迟不立太子，令群臣忧心如焚。
直到1601年，朱常洛才被封为太子，朱常洵被封为福王。
但是福王迟迟不离京就任藩王。直到梃击案发生，舆论对郑贵妃不利后，福王才离京就藩。
明神宗于国本之争对大臣极度不满，自1587年后，就开始连续不上朝作为报复，仅处理一些重要事件。
自1588年后，早朝也经常看不到他，整日在深宫中不理政事。
东林党源于顾宪成组办的东林书院。
东林党争起因是内阁缺人，顾宪成极力主张颇有政绩的淮扬巡抚李三才入阁，结果被反对李三才入阁的势力抹黑漫骂，东林党因此兴起，朝中其它各党便集中火力攻击东林党。
阉党专权后，东林党更受到严重打击，直到崇祯年间东林党才重新被重用。
由于明神宗不理朝政，缺官现象非常严重。
1602年，南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等