可以说是整个隐仙派的最高权力机关。将来下一任宗主人选，都要由三清阁选出。
六院是证道院，传武院，戒律院，知客院，财库院，药王院。
证道院，主修的是道法，道术。有些道术，比如唐丁赖以成名的望气术，御剑术，还有搜魂术，读心术，包括唐丁叱咤天下的陆地飞行术，五雷正法等最重要的道术，都要在证道院才能学到。比如，在道术方面有独特领悟能力的吴文媛，徐小杰，陈尔等弟子，都会被编入证道院。
传武院，顾名思义，修的就是传武。隐仙派虽然被誉为三大修仙门派之首，但是本质上就是古武宗门，古武是隐仙派的传统，古武跟道术虽然想关联，但是却是两个系统，对道术有擅长的人，不一定擅长古武，反之亦然。所以，唐丁会把孟义、孟冬父子，还有亚鲁狄巴等人，都编入传武院，以后培养隐仙派的古武传人的任务就交给他们了。
三清阁，再加上证道院和传武院，是隐仙派最重要的三个部门，事关隐仙派的发展传承。
其余四院，戒律院，知客院，财库院，药王院，则算是隐仙派的后勤部门。
戒律院，顾名思义，是制定规章制度，监督制度执行的部门。不以规矩不能成方圆，尽管唐丁梦想中的隐仙派要和和气气，但是没有制度约束，和气就会变成懒散，早晚会成为宗门发展的毒疮。所以，戒律院是宗门健康发展的保证。
知客院，是隐仙派的对外联络部门，也负责宗门的一些政策的宣讲。比如赵颖的父母刚入玄女谷，他们不知道如果自己想种地的话该跟谁说，也不了解隐仙派的一些规章制度，这就需要知客院来向他们讲解这些，并且给他们安排合适的活，并管理这些人。除了这些，另外还要负责对外面世界的联系，负责宗门大会、跟其他宗门的对外交往等事宜。
财库院，就是现代企业中的财务部，负责钱财的审批，物资的采购和调配，管的是花钱和采购的事情，包括唐丁新收购的两个企业，高杉资本和巨星公司，都隶属于财库院。
药王院，是隐仙派的医院，负责的是整个玄女谷和隐仙派的身体健康，治病看病问题。
(本章完)