调色工作的同时，在旧金山的工业光魔和远在法国的Macguff工作室，也陆续收到希德他们完成剪辑、调色之后的镜头，进而开始特效镜头的打造。
相比《星战前传2》多达4位特效总监的繁杂视觉特效，《哈利波特与魔法石》的特效镜头相对简单，因为本片的故事毕竟还是发生在大气层以内的。
所以希德向工业光魔要求了两位特效总监前来帮忙，而Macguff工作室也投入全部人力和资源来优先进行《哈利波特》的项目。
但是相对的，希德的《哈利波特》在细节上的打磨也就要求更加细致了，特别像是本片中的诸如守卫的三头恶犬，大闹霍格沃兹的食人魔，还有最终迷宫的对决巫师棋。
希德并不满足于原本克里斯·哥伦布的版本，因为不管是原版中略显粗糙的三头犬和食人魔，还是在成片上看起来毫无张力可言的巫师棋对决，都让希德很是不满。
《哈利波特与魔法石》里由CGI制作的三头犬和食人魔，比起同时期的《黑客帝国2》、《星球大战前传2》和《指环王1》，以后世的眼光来看，希德很难相信他们是同一时期的作品。
特别是当彼得·杰克逊，在新西兰打造出让人神魂颠倒的“中土世界”之时，希德就知自己绝不能让《哈利波特》真的变成只是一部孩子电影。
所以片中的纯粹CGI怪物、人物，希德都在绿屏拍摄的基础上，全部交由了工业光魔的特效团队来打造，同时递交的还有希德堪称严苛的要求标准。
据说那三位工业光魔的特效总监，看到希德的要求时都不禁齐齐嗔舌，其中对于食人魔和三头犬在不同状态下的要求，可谓细致之极。即使是他们在《星战前传》中，也只有一些特殊镜头再使用如此高要求的CGI精度。
至于对决巫师棋的场景，希德在拍摄之时，就决定使用CGI制作棋子，而不是像原版一样的实物模型。
因为实物模型的移动方式，很难达到希德设计中的表现张力，也就是说，像原版那样慢吞吞的棋子挪动，希德是绝不能接受的。
所以当初这段在拍摄时，就是由工业光魔的特效师只做了绿布包裹的海绵棋子，然后三个小主角就坐在上面来表演。
而棋子的移动方式，也全部改为先快后慢的前进方式；而棋子战斗时的动作性，也在希德的要求下改为了先慢后快的，出招庄重、势如闪电的，极具观赏性的方式。
在这样的改动之下，这场巫师棋对决的观赏