中便想好要和恋爱三年的女友结婚。
然而，没想到的是，在船靠岸前，一场厄运已经带走了爱德蒙的一切。船上有一名船员叫唐阁拉尔，一心想取代爱德蒙的船长的位置；另外，爱德蒙的情敌费尔南也在费尽心思诋毁爱德蒙。
这两个人臭味相投，把一张告密的举报信送到了检查局。爱德蒙在举行婚礼的那一天，被捕了。
在此之后，小人得志，好人受难。得知告密信得检察官维尔福，为了自己的仕途，起诉爱德蒙为极其危险的政治犯，导致爱德蒙被投入到了孤岛的死牢。在孤岛的牢房里，没有足够的食物和水，没有阳光和新鲜的空气，只有黑暗与寒冷，剩下的只有潮湿和那窸窸窣窣的老鼠声。
对未婚妻的思念和对老父亲的牵挂让爱德蒙在死牢里熬过了14个年头。在这期间，爱德蒙始终相信自己是清白的，并不知道信中所写的内容，相信终有一天检察官会来倾听自己的冤情。然而，时间是残忍的，爱德蒙的信念一点一点被消磨，在失望的同时也带来了自杀的念头。
历史总是惊人的相似，通过挖地道逃狱的事情也发生在了爱德蒙身上。不过，挖地道的人不是爱德蒙，而是一位被定为“政治犯”的神甫。因为计算错误神甫的地道没有挖到外面，而是挖到了爱德蒙的牢房。虽然神甫的越狱计划失败了，但是对于爱德蒙来说，神甫却犹如一双光明之眼出现在爱德蒙的黑暗世界中。此后，爱德蒙和神甫患难相交。
在埋怨上层不公的同时，神甫不断给爱德蒙讲习各种知识，化学，文学，哲学，医学，语言等等，让爱德蒙重新燃起了生活的希望。神甫在聆听爱德蒙的遭遇后，帮助爱德蒙分析出了谁害了爱德蒙。
在交谈中，神甫告诉爱德蒙一个秘密：在一座叫基督山的小岛上，藏着一笔巨大的宝藏，得到它，可以拥有无人能及的权力和财富。
时间又过了数年。为了帮助爱德蒙越狱，老神甫借助药物装死，在阴湿昏暗的牢房里，狱警把爱德蒙当做神甫用裹尸袋包裹起来扔到了海里。
割开裹尸袋后，爱德蒙重新获得了自由。不久，爱德蒙就找到了那笔埋藏在基督山的宝藏。在那个金钱可以衡量一切的年代，爱德蒙迅速成为了一个声名远扬的大人物。在被政府册封爵位时，爱德蒙更改了自己的名字，为“基督山伯爵”。对于伯爵来说，逃出监狱的最大动力在于复仇，所以此书有另外一个书名叫《基督山恩仇记》。但是在复仇之前，伯爵打算先报恩。
法老号的船主时一名正直善良