定格动画最主要的劣势便是自由度相对较低。
众所周知，越接近意识的形式便越自由，相反越接近物质的便越不自由，各种客观规律等的制约也就越多。
由此说来，三大主流动画制作形式的自由程度排列便是：平面动画>3D动画>定格动画。
定格动画是最不自由的。
但同样的，定格动画也具备相当的、其他动画不具备或很少具备的优势，其最显著的优势便是制作人员门槛低，另外就是投资成本相对而言低廉。投资低廉的原因就是制作门槛相对而言比另外两种动画制作方式要求低很多，甚至很多从业人员根本不需要过硬的专业知识便可以直接上手制作。
从人才方面来说，中小型定格动画制作团队的制作人员总共可以分为若干个部分。
首先是前期的编剧、设计、分镜头绘制等，这部分人员需要专业的相关人员从事。其次是制作部分。制作部分可以分为制偶、制景、模型翻制、着色四个部分，其中每个组当中只需要有一到二个成手进行把关，便可以运作起来。最后是拍摄部分。拍摄部分的动作师可以说是现如今三大主流动画形式中培养速度最快、成长最为迅速的，一般半年左右的培养便可以胜任大部分中低难度的镜头，两至三年便可以彻底成长为合格的定格动画的动作师。
从制作材料方面来说，定格动画的制作材料几乎可以全部来自于生活，工具如螺丝、扳手、钳子、刀子等等，材料如泡沫塑料、铝丝、医用橡皮膏、各种布料等等，甚至可以是外出郊游采集来的花草、生活当中无用的垃圾、二手市场中淘来的小玩意儿等等。比如2009年即将上映的《卡洛琳》当中有小女孩走出来路边的花朵竞相开放的镜头中的开放的花就是使用厕浴塑料清洁球制作的。这些东西的成本普遍都相当低廉，并且随手可得。
从拍摄方面，定格动画需要的只有相机架，相机，电脑，以及连接电脑的数据线就可以完成。当然大制作如《圣诞夜惊魂》、《僵尸新娘》、《卡洛琳》等等，会用到相机移动轨及专业的灯光会提高一些成本，不过这些成本却是和其他的影视制作投入相同的，并不会高于其他影视形式。
总的来说，定格动画毫无疑问是一种非常优秀的，优点要比缺点多的多的动画形式。
但是很可惜，定格动画终究太过于小众。
在整个电影产业里，有那么几种电影是比较小众的，首先就是动画电影，虽说动画电影的受众面很广，但那仅仅是理论上的。