以组织不仅庞大、而且内部也分工明确，毫不混乱，在整合了上古巫教的精华外，又经过无数年的总结归纳和创新，形成了全新的黑巫教。
最高层，就是黑巫教主，掌握最高领导权，能够代表黑巫教；但是黑巫教之下又是分成十二大部落，分别是金之部落、木之部落、水之部落、火之部落、土之部落、阴冥部落、阳煌部落、血巫部落、猛毒部落九大属性部落，以及战巫、天巫、匠巫三大符合部落。
不过，由于有上古巫族血脉的巫师太少，所以，绝大多数部落都是由一些上古巫教巫师的后裔所组成。这些人虽然没有上古巫族那强大的血脉神通，但是继承了先辈的优秀血统，比之旁人在修炼巫术的天赋上还是超出一头的。所以，名义上是九大属性部落，但实际上却是修行了不同属性巫术的部落而已。
九大属性部落乃是组成黑巫教的主体，他们各自有自己的封地，占据了大半的黑土大陆，派出一波波的巫师进入各个土人部落、掌握部落大权和信仰，每隔十年都会挑选合适的人才进入部落圣地，加入黑巫教，保持黑巫教的长盛不衰。
平日里，这些属性部落都在各自的封地里做一方诸侯，一旦有要紧的大事、比如天灾到来、或者有大敌入侵，就会派出精锐教众和战士，由黑巫教主所在的黑巫城统领，一旦战争结束，各自的教众和战士又会返回各自部落。
严格来说，黑巫教的体制并不严密，圣地黑巫城作为黑巫教总部，就如同君王，九大属性部落如同封疆大吏，掌握了封地的军政大权，实力雄厚，说得不好听些，就是一方诸侯；若是不愿意低人一头，完全有可能联合起来架空黑巫城，做事实上的土皇帝。
但是，现实的情况却是，九大属性部落不仅没有割地自立，反而对黑巫城毕恭毕敬，连各自部落的当代首席长老每十年间，也都有五年需要来黑巫城参加巫术交流、商议黑巫教的大事，实际上就是作为人质。黑巫教虽然是人族组成，但是也传承了上古巫族那种力量至上、强者为尊的传统，能够成为部落的首席长老，那就必须是部落之中实力最强的人。而事实也是如此，十二位首席长老，每人都有着介乎于返虚期和天仙期之间的实力，这样的实力，即便是在中土神州的各大顶级门派，也足以担任掌教一职了。
连这样的强者，都乖乖的前往黑巫城，作为人质，其中的原因可不仅仅是因为黑巫城有着大义和巫教正统名分的原因，更重要的，就是因为黑巫城的实力足以压服一切反抗和不臣之心！在这其中，战巫、天巫、匠巫三大