三天过后，卢延巡命参谋厅，及兵司，分别下达了《关于军队年假制度》，以及《军团改革》，《军衔制》三大制度。
第一：年假制度，既从新的一年开始，各军团，各卫所可调配安置年假七天，让一部分士兵能回家与家人团聚。
第二：军团改革，为重新梳理军团等级，除军团，原指挥使，副指挥使，不变之外，改校尉为团长，同时设立副团长，队正为营长，设副营长，伙长为连长，设副连长，什长则为排长，一个军团辖三个团，每个团辖三个营，每个营统四个连，每个连按需要排，设置各班。
而军团改革之下，随同的还有军衔制，分别为上校，中校，少校，上尉，中尉，少尉，上士、中士、下士，九个等级，凡是团，营以上皆授予校级军衔，连级别的授予尉级军衔，班长则为士级军衔。
年假的制度，让将士们感念卢延巡的仁慈，而军团改革和军衔制的消息传出后，则闹出了不小动静，但由于只不过是改变了称呼，并没有涉及具体的官职和权利，因此倒也没有太大的意见，甚至因为多了一个荣誉的军衔，反而让一些下级的军中人员感到一丝新鲜。
不过这些并不是卢延巡的用意，不论是军团的改革还是军衔制度的下放，都是为了彻底统一军队的思想，就在三大制度落实了半个月后，中枢再次向各大军团，卫所下令，正式实行政治委员制度，组建中委局，在各军，各团，各营设置政委一职，协助军事长官，负责贯彻和执行中枢的命令，统合全军的思想，所有的政委必须经过统一的培训和教导，升杨洞潜为赣南政治学院院长，兼中委局局长，都司指挥室齐镇为政治学院副院长，兼中委会副局长，参谋副长廖爽为政治学院主任，三人直接对卢延巡负责。
这个命令下达后，军队里面顿时有些混乱了，这不是分权吗？“
三大军团的主帅薛羽，齐泰，苏章分别求见卢延巡，但很快便一个个满脸汗水，惊慌的一一离去后。
因为卢延巡只说了一句：“怎么，一个个占据一方，手握重兵，舍不得权利了，还是有什么见不得人的事情，不要政委可以，那就让亲军都尉府入驻，要是还是不愿意，那就学那韩成，兵谏把孤给换了”
此话一出，当时就吓的薛羽三人连连叩头请罪。
在齐昌府的齐府内，齐镇望着脸色有些苍白的齐泰，冷声道：“大王说的没错，有点权力，就找不到北了，政委制度乃是国策，你们三个统帅或许是好的，但有些人就不一定了，政委的设立很有必要